В законодателството ни са уредени изрично хипотезите, когато държавата (чрез съответните органи) може да се намесва в или да упражнява контрол върху дейността на ЮЛНЦ.
На първо място, намеса в дейността на ЮЛНЦ е възможна от страна на съда. Законът предвижда, че едно ЮЛНЦ следва да се подчинява на определени изисквания при неговото учредяване, устройство и дейност. Ако ЮЛНЦ е създадено при неспазване на тези правила или ако впоследствие извършва дейност, която противоречи на Конституцията, на законите и на добрите нрави, или ако е обявено в несъстоятелност, всяко заинтересовано лице или прокурора, може да сезира окръжния съд по седалище на ЮЛНЦ с искане за неговото прекратяване. За дейност, която противоречи на закона, може да се считат и случаите, в които ЮЛНЦ в обществена полза системно не е подавало годишни доклади и отчети. Извършвайки проверка дали и доколко учредяването и дейността на ЮЛНЦ са законосъобразни, окръжният съд по седалището на ЮЛНЦ дава до 6-месечен срок за отстраняване на основанието за прекратяване и неговите последици. Ако в този срок указанията не бъдат изпълнени, съдът назначава ликвидатор и изпраща решението за прекратяване на ЮЛНЦ на Агенцията по вписванията, която служебно вписва прекратяването в Регистъра на ЮЛНЦ.
ЗЮЛНЦ предвижда и едно особено основание за намеса на държавата в дейността на ЮЛНЦ – ако ЮЛНЦ е включено в списъка по чл. 5 от Закона за мерките срещу изпирането на пари или има данни, че подпомага терористична дейност. В тези случаи окръжният съд може да бъде сезиран с иск на главния прокурор за прекратяване на организацията, при което за съда е изключена възможността да предостави 6-месечен срок за отстраняване на основанието за прекратяване и неговите последици.
Освен при извършване на дейност, която противоречи на Конституцията, законите и добрите нрави, при сдруженията ЗЮЛНЦ предвижда решенията на общото събрание да подлежат на съдебен контрол относно тяхната законосъобразност и съответствие с устава. Този контрол може да бъде иницииран от всеки член на сдружението или на негов орган или от прокурора в едномесечен срок от узнаването, но не по-късно от една година от датата на вземане на решението. При фондациите, ако са нужни действия за изменение или допълнение на учредителния акт и е невъзможно те да бъдат извършени от учредителя или по установен от него или закона ред, окръжният съд по седалището на фондацията извършва това по искане на заинтересованите страни. В този случай съдът е длъжен да се съобрази с волята, изразена с учредителния акт. Също така, ако органите на фондацията не могат да попълнят състава си и това би затруднило дейността на фондацията, всяко лице от състава им, както и всеки, който би се ползвал от дейността на фондацията, може да поиска от съда да попълни състава на органите, като се съобрази с волята в учредителния акт. Специфични случаи за намеса на съда при фондациите са предвидени, когато лицето, за което има запазени права във фондацията, не ги упражнява с необходимата грижа или е в трайна невъзможност да ги упражнява. Тогава, по искане на управителния орган на фондацията, съдът може да постанови тези права да бъдат предоставени на съответния орган на фондацията за известен период или завинаги. Решенията на съда за промени и актуалният учредителен акт се изпращат за вписване до Регистъра на ЮЛНЦ към Агенция по вписванията.
Други органи, чрез които държавата може да следи отчетността на ЮЛНЦ са:
• Националната агенция за приходите във връзка с данъчното отчитане и облагане на ЮЛНЦ;
• Агенцията за държавна финансова инспекция и Сметната палата за финансовата дейност на ЮЛНЦ, когато получават и разходват средства от държавата или от фондовете на Европейския съюз (ЕС) или когато държавата или общината участват пряко или косвено в тяхното имущество, както и когато ЮЛНЦ се явяват получатели на държавна или минимална помощ;
• Комисията за защита на личните данни, когато ЮЛНЦ са администратори на лични данни;
• Държавна агенция „Национална сигурност“ – във връзка с предотвратяване на прането на пари и финансирането на тероризма;
• Националният статистически институт – във връзка със задължението на ЮЛНЦ за подаване на годишни отчети за дейността и събиране на статистическа информация;
• Други специализирани администрации, в чиято компетентност са функциите по надзор върху отделни видове дейности като например предоставяне на социални услуги за деца или възрастни, образователни услуги и т.н.