Органите на ЮЛНЦ са онези вътрешни организационни тела, чрез които фондациите и сдруженията функционират – формират воля, вземат решения, участват в гражданския оборот. Органите могат да бъдат разделени на основни и допълнителни. Основни са органите, които законът изисква като минимум да бъдат създадени в едно ЮЛНЦ. При сдруженията това са Общото събрание и Управителният съвет, респективно - Управителят. При фондациите видът на органите зависи от волята на учредителите и ползата, в която те осъществяват дейността си.
Законът позволява на фондациите в частна полза да имат само един орган, наречен от закона управителен орган, който може да бъде колективен или едноличен. Фондациите в обществена полза са задължени да имат върховен колективен орган и управителен орган.
Допълнителни са органите, за които няма изискване да бъдат създадени, но няма и забрана за създаването им. Относно тяхното наименование и функции няма никакви законови ограничения. Те могат да бъдат както колективни, така и еднолични. Най-често тези органи имат наименование, подсказващо функциите, които изпълняват:
Контролен съвет, Консултативен съвет, Почетен съвет, Експертен съвет, Обществен съвет, Съвет на дарителите, Секретар, Ковчежник и други. Типично за техните функции е те да бъдат помощни към основните органи.
По отношение на изпълнителните органи, каквито са често срещаните в практиката изпълнителни директори на ЮЛНЦ, следва да се направи едно отграничение. Когато изпълнителният директор е заложен в устава или учредителния акт със съответните правомощия, той е избираем орган и е част от структурата на ЮЛНЦ. Когато обаче изпълнителният орган, понякога наричан освен изпълнителен директор и само директор или дори управител, не е уреден като орган с разписани правомощия в устава, а е назначен от ЮЛНЦ на трудов или граждански договор, той не е орган на ЮЛНЦ, а представлява една от назначаемите позиции, които са част от персонала на организацията.