Основната разлика между двата вида ЮЛНЦ според българското законодателство е в тяхното устройство.
Сдружението представлява доброволно обединение на три или повече лица за извършване на дейност с нестопанска цел. В същността на сдружението е заложена готовността на неговите учредители и членове да полагат лични усилия за постигане на нестопанските му цели. Оттук основната специфика при сдружението е това, че то е корпоративно устроено ЮЛНЦ, т.е. такова, което има членове и при което съществува правно отношение между всяко отделно лице член и самото сдружение.
Фондацията няма членове. При нея няма обединяване на лица, които са готови със съвместни усилия активно да работят за постигане на нейните цели. Най-краткото определение за нея е, че тя е едно персонифицирано имущество, т.е. имущество, което безвъзмездно е посветено и предоставено за постигане на нестопански цели и на което са придадени белезите на самостоятелно юридическо лице. Фондацията се смята, че е имущество, което е посветено за преследването и постигането на нестопанските цели. Фондацията по своята правна природа не включва в себе си изискването нейните учредители да извършват дейност за преследване и постигане на нейните цели. Достатъчно е те да предоставят имущество, което да служи за това.
Двата вида ЮЛНЦ са абсолютно равнопоставени от гледна точка на избора на цели, дейности и статут на частна или обществена полза. Каквито нестопански цели може да си постави едно сдружение, такива може да си постави и една фондация. Както сдруженията, така и фондациите могат да извършват освен нестопанска и стопанска дейност при условията на ЗЮЛНЦ. И сдруженията, и фондациите могат да се определят за извършване на дейност както в частна, така и в обществена полза.
Бихме могли да обобщим основните разлики между сдруженията и фондациите по следния начин: