Основната разлика между двата вида ЮЛНЦ според българското законодателство е в тяхното устройство.

Сдружението представлява доброволно обединение на три или повече лица за извършване на дейност с нестопанска цел. В същността на сдружението е заложена готовността на неговите учредители и членове да полагат лични усилия за постигане на нестопанските му цели. Оттук основната специфика при сдружението е това, че то е корпоративно устроено ЮЛНЦ, т.е. такова, което има членове и при което съществува правно отношение между всяко отделно лице член и самото сдружение.

Фондацията няма членове. При нея няма обединяване на лица, които са готови със съвместни усилия активно да работят за постигане на нейните цели. Най-краткото определение за нея е, че тя е едно персонифицирано имущество, т.е. имущество, което безвъзмездно е посветено и предоставено за постигане на нестопански цели и на което са придадени белезите на самостоятелно юридическо лице. Фондацията се смята, че е имущество, което е посветено за преследването и постигането на нестопанските цели. Фондацията по своята правна природа не включва в себе си изискването нейните учредители да извършват дейност за преследване и постигане на нейните цели. Достатъчно е те да предоставят имущество, което да служи за това.

Двата вида ЮЛНЦ са абсолютно равнопоставени от гледна точка на избора на цели, дейности и статут на частна или обществена полза. Каквито нестопански цели може да си постави едно сдружение, такива може да си постави и една фондация. Както сдруженията, така и фондациите могат да извършват освен нестопанска и стопанска дейност при условията на ЗЮЛНЦ. И сдруженията, и фондациите могат да се определят за извършване на дейност както в частна, така и в обществена полза.

Бихме могли да обобщим основните разлики между сдруженията и фондациите по следния начин:

• Сдружението има членове, докато фондацията няма;
• Учредителят/-ите на една фондация има/-т право да запази/-ят за себе си определени права за гарантиране на участието им в управлението, докато учредителите на сдружението нямат такова право;
• Различна органна структура: при сдружението има Общо събрание и Управителен орган, а видът на органите при фондацията зависи от волята на учредителите (или в последствие органът, който може да взема решение за промяна на структурата) и статута – обществена или частна полза, в която те осъществяват дейността си (при фондации, регистрирани за извършване на дейност в обществена полза, обаче, ЗЮЛНЦ изисква задължително да имат върховен колективен орган и управителен орган);
• Различни изисквания при учредяване: за сдружение, в зависимост от това дали ще бъде регистрирано за извършване на дейност в частна или в обществена полза, се изисква минимален брой лица, които да го учредят, докато при фондацията е достатъчно да има и едно лице – учредител (независимо от това за дейност в каква полза е регистрирана фондацията). Специфично за фондацията е, че за учредяването ѝ е задължително учредителят да направи учредително дарение (в пари или друго имущество).